Zulkifli dilahirkan pada tahun 1966 di Kampung Paya Rumput Jaya, Sungai Udang, Melaka. Berasal dari keluarga para pemimpin dan agamawan. Ayahanda beliau adalah guru agama yang memimpin Persatuan Melayu Islam Brunei. Moyangnya adalah Tuan Qadhi Sidek yang sangat dihormati di zamannya. Datuk beliau Kiyai Haji Abdul Rahman dan bapa saudara beliau Tuan Guru Muallim Haji Abdul Wahid adalah pengasas bersama Pondok Paya Rumput Sungai Udang[1].

Beliau mempunyai seorang isteri, Ustazah Zarina Saad dan dua belas orang cahaya mata. Tujuh daripadanya adalah penghafaz al-Quran. Putera sulung beliau adalah pelajar dan tenaga pengajar rasmi di Ribat Tarim iaitu sebuah institusi pendidikan agama di Kota Tarim, Hadramaut, Yaman.